La dottoressa Brennan ritorna dalle vacanze trascorse a casa del fratello Russ. E scopre che il dottor Goodman ha assegnato un capo al dipartimento forense, una patologa di nome Camille Saroyan. E che l'agente Booth chiaramente conosce da prima.
Si ritrova anche subito per le mani un caso interessante. Un'auto ferma sui binari ferroviari ha provocato il deragliamento di un treno, causando, fra gli altri, la morte della senatrice Paula Davies, che viaggiava in prima classe.
Si é trattato di un suicidio o di un atto deliberato ?
L'uomo a bordo dell'auto, carbonizzato, é alto due metri, deve essere stato atleta in gioventù. Grazie ad alcuni gioielli che aveva addosso, si scopre la sua identità: Warren Lynch, proprietario della Lynchpin International. Le impronte dentarie lo confermano. E Brennan determina che era morto da almeno sei ore prima dell'impatto con il treno.
Le indagini preliminari rivelano che Lynch stava per essere arrestato per le sue manovre azionarie illegali e che si era separato dalla moglie, che aveva scoperto numerose sue infedeltà. Emerge anche la figura ambigua di un investigatore privato, Rick Turco, che controllava le attività di Lynch.
Sulla salma di Lynch, intanto, Brennan riscontra fratture postmortem a un braccio e tracce di oppiacei, che le fanno concludere che era un eroinomane.
Booth e Brennan si incontrano con Rick Turco. Il quale racconta che Lynch era ricattato e l'aveva ingaggiato per trattare con il ricattatore.
Con un esperimento un po' azzardato, Jack e Zack, provano che dei contenitori pieni di benzina erano stati sistemati sul sedile posteriore dell'auto, per aumentare la potenza dell'esplosione al momento dello scontro con il treno.
Durante il caso, Brennan riceve anche una sgradevole notizia: Vince McVicar, l'uomo che era stato arrestato per la morte di sua madre e rappresentava tecnicamente l'unico legame con suo padre, é stato ucciso nella prigione in cui era detenuto.
Un'altra sorpresa é che la ricostruzione facciale di Warren Lynch stabilisce che il cadavere dei binari... non é affatto Warren Lynch! Qualcuno ha contraffatto la documentazione dentaria di Lynch, ma ormai é chiaro che non si tratta di lui.
Attraverso uno spacciatore di eroina, Booth e Brennan risalgono alla vera identità del morto: un certo Ray Story. E rispunta anche Warren Lynch. Ricoverato in un ospedale, dopo essere stato gettato da un'auto in corsa. Ha subito danni gravissimi, soprattutto al cervello. Non si sveglierà mai più. E' un vegetale, ormai.
Proseguono le analisi sul corpo di Story. Il braccio gli é stato rotto e slogato mettendogli una giacca dopo la morte, probabilmente da due persone che avevano una gran fretta. E le foto delle riprese del traffico dimostrano che Rick Turco stava seguendo l'auto di Lynch. E' probabilmente l'ultimo ad averlo visto prima che finisse all'ospedale.
Nel frattempo, Booth porta Brennan a parlare con il detenuto che ha ucciso McVicar. L'uomo le fa capire che l'omicidio gli é stato commissionato proprio da Max Keenan, il padre di Brennan. Cosa che le causa ulteriore confusione.
Rimasta sola, per riordinare le idee, Brennan ha un'illuminazione. Tutti i gioielli di Lynch erano stati messi indosso a Story, tranne l'anello del campionato di basket che Lynch in coma porta ancora. Il quadro comincia a chiarirsi.
Lynch voleva scomparire e godersi i guadagni delle azioni della Lynchpin. Lui e Turko avevano deciso di far passare il malcapitato Story per lui, quasi sicuramente dopo averlo trovato morto per un' overdose. Volevano fare un lavoro pulito, ma la morte della senatrice ha complicato tutto. Turko poi avrebbe deciso di eliminare Lynch per trarsi d'impaccio.
Con uno stratagemma Booth e Brennan riescono a far confessare parzialmente Turko. Ovviamente lui scarica le colpe più pesanti su Lynch, ma il caso é risolto.
Chiuse le indagini, Booth convince Brennan a visitare la tomba della madre. Scoprono che lì, di recente, é passato anche suo padre.

◊ L'assenza del Dr. Goodman ci viene spiegata con il fatto che si sia preso 2 mesi "sabbatici".
◊ Booth adesso ha un telefono cellulare Motorola Razr nero. Nella 1^stagione ne usava uno grigio, ma il modello nero è più popolare.
◊ La dr.ssa Saroyan soprannomina Zack 'Zackaroni' perchè lui mangia maccheroni e formaggio tutti i giorni per pranzo.
◊ L'anteprima di questo episodio proclamava che "La squadra investiga sul deragliamento di un bullet-train", che è tecnicamente sbagliato. Bullet-train è il soprannome dello Shinkansen, il treno giapponese ad alta velocità così chiamato per la sua forma e la sua velocità (che include Kodama, Hikari e Nozomi). Nessun altro tipo di treno, a parte quello giapponese, può essere chiamato Bullet-train. Sarebbe come chiamare qualsiasi veicolo spaziale "Space shuttle".
In Francia ci sono i TGV (Train Grand Vitesse), equivalenti degli italiani TAV (Treni Alta Velocità). Inoltre in Europa ci sono gli EuroStar...
Ma dal momento che gli squints non investigano certo in Giappone, la pubblicità avrebbe dovuto dire "La squadra investiga sul deragliamento di un treno ad alta velocità"

Uscendo dalla prima stagione volevamo buttarci nella seconda con una storia che fosse entusiasmante ed intensa, così abbiamo suggerito allo studio l'idea di un assassino che prende di mira agenti dell'FBI e loro ci hanno detto, "Perché non qualcosa di più grande?"
É stato a questo punto che abbiamo ironicamente suggerito l'idea di un disastro ferroviario e loro l'hanno adorata. Avevo anche alcune idee relative a responsabili esecutivi ai livelli più alti della gerarchia, molto potenti, che manipolano il mercato azionario per guadagnare milioni e al sistema che avrebbero usato per farlo. Ho lavorato per uno show, in Canada, intitolato 'Traders' (operatori di borsa) quindi avevo familiarità con quello che serve per far crollare delle azioni.
Abbiamo unito l'idea del disastro ferroviario e quella del mercato azionario, aggiunto una piccola eroina, un piccolo ricatto. Bam! A chi non piacciono i ricatti?

scritto da Hart Hanson
[tratto da FOX.com]