Mentre Zack sta finalmente per conseguire il proprio dottorato, Booth e Brennan si recano sul luogo di un nuovo caso: un uomo di mezza età, issato sopra una specie di croce e carbonizzato, sul tetto di un hotel dove un tempo alloggiavano i testimoni. Date le modalità della morte, Booth sospetta che si tratti di una spia della polizia, uccisa per avvertimento.
Nel frattempo, Russ Brennan arriva a trovare la sorella: le dice che il padre lo ha chiamato per avvertirlo che loro due sono in pericolo. Russ ci crede, ha la sensazione di essere seguito.
Il morto viene identificato, è Garrett Delaney, un ex agente dell’FBI ed ora capo della sicurezza di alcuni lobbisti. Booth e Brennan vanno a casa sua e scoprono qualcosa di inaspettato: una stanza è piena di foto di Russ. Aveva ragione a ritenere di essere pedinato. Peggio: studiando le foto, Booth comprende che Delaney si stava preparando ad uccidere Russ, selezionando il punto migliore da cui sparargli.
Nella trachea di Delaney viene anche rinvenuto un foglio, datato 1978. Pare un foglio di quaderno di poliziotto e cita il nome di Marvin Beckett, un attivista dei diritti civili, condannato all’ergastolo proprio nel 1978, per l’uccisione di Gus Harper, un agente federale.
Booth e Brennan vanno a parlare con la vedova di Harper: la vedova conferma i sospetti destati dal foglio. Alcuni esponenti dell’FBI dell’epoca avevano incastrato Beckett e ucciso Harper perché voleva dire la verità. Emerge anche un particolare inquietante: il diario e le altre prove raccolte da Harper erano custodite nella banca svaligiata dai genitori di Brennan proprio pochi giorni dopo la morte di Harper.
Booth scava nel passato di Harper, scopre che lavorava con Delaney. Scopre anche il nome in codice del padre di Brennan, Columbus. E nella bocca di Delaney è stata proprio trovato una moneta con l’effige di Colombo. Quindi è stato Max Brennan ad uccidere Delaney.
Booth chiede aiuto al pubblico ministero Caroline Julian, per cercare di far scarcerare Marvin Beckett. Contemporaneamente, Russ presenta alla sorella Padre Coulter, un amico di vecchia data di Max. Anche lui conferma che Max vuole che Brennan rinunci a cercarlo.
La verità prende forma. Delaney, membro del gruppo di agenti federali corrotti, ha rintracciato Max grazie alle indagini su di lui condotte dalla figlia e da Booth e gli ha chiesto le prove di Harper, minacciando Russ. Max lo ha ucciso. E ora?
Gli avvenimenti precipitano.
Viene fatta una seconda autopsia sul corpo di Gus Harper e si stabilisce che l’uomo è stato ucciso da un fucile da cecchino. Beckett, dopo trent’anni, viene scarcerato. E qualcuno spara a Russ, tentando di ucciderlo. Per fortuna c’è Booth con lui. Quest’ultimo però viene sospeso dall’FBI, il vicedirettore Kirby reagisce male al modo in cui lui ha fatto scarcerare Beckett.
Gli squints cercano di aiutarlo. Trovano altre prove che confermano che Harper è stato ucciso da un cecchino dell’esercito. Grazie all’intervento di Caroline, Booth arriva a scoprire che il cecchino in questione era proprio Robert Kirby, l’attuale vicedirettore dell’FBI.
Booth e Brennan corrono ad avvertire Russ, ma trovano solo un’enorme pozza di sangue. Fortunatamente il DNA prova che il sangue non appartiene a Russ. Ma allora dov’è?
Non c’è il tempo materiale di chiederselo. Brennan riceve un messaggio di Padre Coulter e va ad incontrarlo da solo, proprio mentre Booth viene a sapere che quello non è Padre Coulter, bensì Max Keenan, con un volto modificato dalla chirurgia plastica. Non tarda a capirlo anche Brennan.
Padre e figlia hanno un intenso confronto. Max le consegna il diario di Harper e la chiave di una cassetta di sicurezza che contiene le altre prove. Arrivano anche Booth e Russ. E Russ e Max fuggono insieme.
Il mattino dopo viene ritrovato il corpo di Robert Kirby. La pozza di sangue apparteneva a lui. Un altro omicidio di Columbus.
Per Brennan è un brutto momento. Booth le rimane vicino.
Se non altro c’è anche un motivo per festeggiare: Zack ha ottenuto il dottorato e Cam lo ha assunto al Jeffersonian.
