Puntata cruciale della settima stagione, poiché incontriamo per la prima volta il serial killer che il team del Jeffersonian dovrà affrontare fino alla nona stagione. Viene ritrovato un cadavere smembrato ai piedi della statua di Lincoln al Museo di Storia Americana di Washington, accompagnato da una scritta che invita a cercare gli altri suoi pezzi. Chi può essere stato?
Dopo i primi esami, il team Jeffersonian scopre che c’è più di una vittima, poiché il sangue della scritta corrisponde a cinque diverse persone, e che le vertebre del cadavere sono state tolte e riposizionate in un ordine che appare totalmente casuale. Mentre il Jeffersonian brancola nel buio, è Sweets a intuire che non hanno a che fare un assassino qualunque, ma con un genio.
Booth, allora, inizia a frugare al museo e in un intercapedine scopre un puntatore laser rudimentale, costruito utilizzando una scatola di mentine e dei pezzi di lettore di dvd. Sweets , dopo aver scartabellato qualche fascicolo, scopre un profilo interessante, quello di Cristopher Pelant, un famoso hacker. Piccolo problema: la cavigliera elettronica lo monitora ogni 30 secondi, e pare che lui non si sia mai mosso di casa. Pare, ovviamente. La conferma della sua non estraneità ai fatti è data, curiosamente, proprio dalle ossa. Angela decide di analizzare le ossa al pc, e questo va a fuoco: scopre così che nelle ossa è inciso un virus informatico potentissimo in grado di passare indenne ai rigidi controlli del computer del Jeffersonian. Ma come incastrarlo? La cavigliera elettronica parla.
Intanto Booth e Brennan cercano il loro nido d’amore, ma non riescono ad accordarsi: Booth si sente umiliato perché non può contribuire molto a livello economico, Brennan al contrario vorrebbe acquistare una casa enorme, magari con uno “spazio da scienziata”.
Bones si dedica anima e corpo alla ricerca di una casa, rischiando spesso di farsi abbindolare dai falsi annunci e salvata in extremis da Sweets, che le “traduce” gli annunci. Alla fine, il nido d’amore verrà trovato da Booth, che sceglie una casa di un detenuto, condannato al carcere a vita. Timoroso, la mostra a Brennan, e lei si innamora immediatamente della nuova casa, benché da ristrutturare.
